Итак, как все прекрасно знают, ныне уничтожение каких-либо объектов, по словам собственно уважаемого Васи, фактически невозможно без гравитационной пушки. В связи с этим я более чем согласен с мнением, что флагманы ныне просто вырезаны из игры. 
Для начала, я не уверен в новом функционале уничтожения. Если я правильно понял из описания, при уничтожении флотом ныне происходит следующее - прилетает флот, делает один единственный залп с 1% шансом обратной волны и улетает. То есть, чтобы уничтожить даже луну, требуются тысячи подобных атак флотом, что подтверждает вышесказанное.
Предлагаю следующее - чтобы вернуть флагманы-уничтожители объектов, поменять принцип их работы на следующий:
Флот прилетает на объект, предположим это 50 ЗС с атакой в 100к и гравитехой 4 уровня. Урон, который они нанесут гравиполю залпом - 63 245. Пусть этот залп станет не единичным. То есть, флот флагманов-уничтожителей с поддержкой обычного флота (если этот обычный флот есть, конечно же) зависает над объектом и уничтожители атакуют гравиполе через интервал времени равный периоду между залпами. Для ЗС это будет 20 секунд. Подобный бой может закончиться лишь в трёх случаях - отступление атакующего по стандартным условиям; Падение гравиполя объекта до нуля и его уничтожение; Уничтожение флота атакующего обратной волной или новоприбывшим флотом защитников. Чтобы уничтожить, скажем, мою луну в 28 547 649 гравиполя, при подобных условиях потребуется 28 547 649/(63 245*3)=150 минут. Это весьма продолжительный срок, причём стоит учитывать что моя луна взятая для примера весьма небольшая (5343км), луны с диаметром под 8к имеют гравиполя в 2 и более раз большее, я уж молчу про планеты. Но это вернёт флагманы-уничтожители в игру и будет хоть какой-то резон их строить и вкачивать на уничтожение объектов. И это самое уничтожение станет реально дорогим и трудоёмким делом, но возможным не только гравипушкой, как и должно быть по идее.